| 저자(한글) |
ZHANG, Zhe,LUO, Yuan-yu,LI, Qing-qing,HE, Jin-long,GAO, Ning,ZHANG, Hao,DING, Xiang-dong,ZHANG, Qin,LI, Jia-qi |
| 초록 |
가계도(pedigree)는 인간 유전학 및 동식물 육종에 관한 연구와 실천의 중요한 정보 내원이다. 가계도 기록 오류는 육종 생산에서 보편적으로 존재하는 기록 오류로써 유전자 위치 결정, 유전자 값 및 표현형 값의 예측 등 관련 연구 결과의 신뢰도에 영향을 미친다. 기존의 방법 소프트웨어는 유전자 표지 정보를 이용하여 의심 친자에 대해 친자 확인을 할 수 있지만, 이런 소프트웨어(예, Cervus)에는 조작이 복잡하고 표지 수량을 제한한다. 지금 고밀도 SNP 표지가 인간과 동식물 연구에서 많이 응용되는 현장에 초점을 맞추어 본 논문에서는 전체 유전체 고밀도 SNP 데이터를 기반으로 한 새로운 친자 확인 방법을 제출하고 EasyPC로 명명하였다. 또한, EasyPC와 Cervus의 운행 효율을 비교하였으며 중국 홀스타인 소( Holstein bull ) (n=2180) 및 두록 돼지(Duroc swine)(n=191)의 전 유전체 SNP 칩 데이터를 사용하여 EasyPC를 입증하였다. 연구 결과, EasyPC의 운행 효율은 Cervus보다 높고 소와 돼지 군체의 가계도 오류율은 각각 20%와 6%이며 관련 연구 보고와 일치하였다. 전체 유전체 SNP 표지를 사용하여 군체 멘델리안 에러(Mendelian error) 확률의 경험적 분포를 분석하였다. 이런 방법은 가계도의 정확도를 간단하고 빠르고 정확하게 판정할 수 뿐만 아니라 오류 가계도를 수정할 수 있었다. EasyPC는 전체 유전체 연구에서 유전자형과 가계도 데이터를 사전에 처리하는 과정에서의 가계도 수정 문제를 해결하기 위한 새로운 경로를 마련하였다. |
